未来の海洋調査船「シークエスト」の話。
深海の熱水噴出孔 … 深海の熱水噴出孔から吹き出る煙には強力な発ガン性物質が含まれているが、そこにはなぜか生命体の存在が確認される。そんな中、ダーウィンが突然原因不明の重体になってしまう。
火星から海底への帰還 … 火星から帰還した探査船が東南アジア沖に墜落し、複雑な事情があるもののネイサンは昔のライバル的存在だった友人・ケラーの乗る探査線を救助しにむかうことにする。しかしモンタニヤーダ連合の潜水艦がシークエストより先に火星の石や標本の入ったコンテナを積んだ探査船を見つけようとし、シークエストは攻撃をうける。モンタニヤーダのチイ大統領は、自分の軍がシークエストの探索活動を妨害していることを知って驚き、側近にシークエストを妨害しないよう注意するが、彼は国の名をあげたいと思ってしたことだった。通信しているうちに友情をとりもどしたネイサンとケラーだったが、ケラーたちのいるカプセルに水がたまり息ができなくなったのか通信が途絶え、ネイサンはケラーが死んでしまったと思い、責任を感じる。ケラーは連合により救出されていたが、大統領の側近の一人が大統領に黙ってケラーから標本を入手するためにコンテナのありかを聞き出し、その後殺そうとする。
巨大潜水艦乗っ取り作戦 … シークエストで浸水時の自動浮上システムを実験するため、ほとんどのクルーが船を離れていた。残っていたのはフォード中佐やヒッチコック少佐、クレイグ、クロッカー、ルーカス、そしてダーウィンの他に二、三人を残すのみとなった。実験前に、シークエストは救助を求める潜水艦を救助するが、その潜水艦に乗っていたクルーたちはシークエストを乗っ取り、環境破壊に関係していると思われる企業のセキュリティコードを抽出しはじめた。フォード中佐は、船を浸水させて相手がひるんだすきに敵を捕まえる計画をたてる。ルーカスとフォード中佐は、船を占拠した一団の目を盗んでブリッジャーに通信をし、その過程で船を乗っ取ったリーダー格の男が元UEO環境強化局のシュレダーであることを知る。彼はUEO環境強化局でおこる不正にうんざりし、ブリッジャーがシークエストを持っているのに何もしないのを見て環境破壊を行っている企業を脅迫するためにシークエストを乗っ取ってデータを盗み出すことを計画していたのだ。フォード中佐はブリッジャーに連絡をとり、これから逃げ出す小型船を爆破するようにと要請した。しかし、そんなことをしなくても浸水実験を開始しはじめて沈んでいっているシークエストから脱出することは自殺行為だった。ヒッチコック少佐は、フォード中佐から何を聞かれても本当のことを答えるよう命じられ、それを答えることにより自分の身に危険が生じてもそうするようにと命じられていた。シュレダーから脱出に危険が伴うかと尋ねられ、ヒッチコック少佐は「ひとたまりもない」と答えた。シュレダーはそれを信じず、脱出した小型船もろとも爆発した。浸水実験前、自分の船をもてるチャンスがあることをフォード中佐は知らされていた。しかし、中佐はこの船のクルーが好きだからここに残るとブリッジャーに話した。クレイグはお払い箱にされるかもしれないと危機感を感じていたが、フォード中佐はクレイグをお払い箱にはしなかった。
海底大噴火 … 四ヶ月前に発射された海底火山にむけた「マグマブイ」が無人島に落下する。シークエストのローンチはその無人島にむかいが、そこには無人島で採掘作業をしている若者たちがいた。ヤング博士は、マグマブイが浮上したということは海底火山が噴火し、この無人島も沈んでしまうと考えブイの回収作業をはやめるように話すが、クルーたちが発見した四人の若者達は、無人島の宝探しをあきらめきれない。特に三人を指揮している元大学教授のグラントは大学をやめてまで続けてきた発掘作業をあきらめることができなかった。しかしヤング博士がマグマブイにまつわる極秘情報を証、教授はみんなを説得し脱出を承諾することにする。だが、四人のうち三人が脱出に承諾したのもつかのま、ローンチは彼らのしかけた爆弾で爆破されてしまう。無人島は予想以上に早く沈みはじめ、フォード中佐たちは通信手段も断たれ、救出を待つしかなくなってしまう。ウェストファレンは中佐達を救うため、海底火山の横穴に魚雷を発射するようにクルーたちに命じた。上官のいないシークエストのクルー達は魚雷発射命令にとまどいUEO本部もなにごとかと連絡をつけてくるが、UEO本部にいたネイサンがウェストファレンの命令を支持し、魚雷は発射される。無人島は沈まずにすみ、探していたフランシス・ベーコンの書類等も見つかった。フォード中佐たちは自分が今ここ（シークエスト）にいるのもウェストファレンのおかげだと感謝する。しかしネイサンは、ノイス提督から加減のわからないウェストファレンが必要以上に魚雷を発射させたことで弁償をせまられてしぶい表情になる。
北海の密漁 … 謎の潜水艦により捕鯨船が沈められる事件が起きる。ペンタゴンは自国と取り引きのある日本等の船が行方不明になっているのを見て犯人の潜水艦を撃沈ようブリッジャーに話すが、今世紀から捕鯨が禁止されていることもありどちらの味方もできないと感じ、艦長を辞任することにする。しばらく船外ですごしていたブリッジャーは、潜水艦が客船を撃墜したことを知って驚く。そして自分が弔辞を読み上げたこともある海洋学者でクジラ保護を訴えていたマクシミリアン・スカリーが実は生きていることを知り、船に戻ることにする。ルーカスはブリッジャーとともに船を降りるよう命じられてたが、自分の居場所がシークエストしかないと感じ、クレイグを脅して船に戻ることにする。ブリッジャーはスカリーの船を見つけて一人で乗り込み、一緒に来るように話すがスカリーは逃走し、ブリッジャーはスカリーのいなくなった船を撃沈した。一方、牛を飼うのは禁止されていたがクレイグは本物の肉が食べたくなり、こっそり牛肉を仕入れてハンバーガーを作って食べようとするが、ブリッジャーにばれてとりあげられてしまう。
高速潜水艇レース … UEOのテストに参加させる高速潜水艇（ルーカスはスティンガー、ヒッチコックはガゼルと呼んでいた）を作って試運転している時に、潜水艇もろともルーカスが行方不明になる。ルーカスは戻ってくるものの、潜水艇は盗まれてしまう。一時は容疑者リストに乗っていた発明家のタッカーが潜水艇を盗んだものと考えられていたが、実際は彼が以前勤めていた会社の人間がしたことだった。潜水艇の在処をつきとめるものの、既に中をあけられて廃車同然になってしまい、ＵＥＯが来る前に大急ぎで作り直すことにする。しかし、レースではちょっとした点検ミスからタッカーの作った潜水艇に負けてしまい、ルーカスは負けから学ぶことになる。
悪魔の襲来 … ネイサンをはじめ、クルーたちが同じ、ダーウィンが出てくる夢を見る。一方、ウェストファレンが休暇をとっていた時、そこにかつてのユーゴスラビアの独裁者・テズロフがあらわれる。彼もまたダーウィンが出てくる夢を見ていた。彼はウェストファレンを人質にとり、シークエストにやってくる。ネイサンは、テズロフがイルカの夢の意味を知っているのではないかと感じて話を聞くことにする。彼は息子のシーザーにかけられた呪いをときたいと思っていることを話した。彼はしゃべれなかったが、ダーウィンとしゃべるようになって声を発するようになる。その後、シークエストに対してテズロフを引き渡すようユーゴスラビア軍が脅迫してくる。彼らはテズロフを大量殺人の罪で死刑にしようとしていた。テズロフは、シーザーをなおすためにダーウィンをほしいと話した。ネイサンは、ダーウィンに聞くように尋ねた。ダーウィンがシーザーのホログラムを見せると、シーザーは「お母さん」と言葉を発した。テズロフはひざから崩れ落ち、人質にとられたシーザーの母親を見殺しにしたことをシーザーにわびた。そして、罪を償うために軍側に自分を引き渡すよう頼んだ。ウェストファレンは、付き合っていて今回一緒に休暇を過ごしたマルコムにシーザーの世話を頼み船に残ることにする。（テズロフ役の俳優はスター・トレックで有名なウィリアム・シャトナー。ドラマ「15の不思議な物語」の語り手としても出演していた。）
深海１万メートルの人魚 … フォード中佐は、海底一万メートルで優雅におよぐ女性を見て呆然とする。フォード中佐はあれは人魚だと感じて回りに話すが、誰も信じず、ネイサンは中佐に休暇をすすめた。中佐は休暇中にその女性と偶然再会し、どうやってあんなところまで潜ったのか尋ねようとするが、彼女は逃げ出してしまう。中佐が彼女のあとを追うと彼女を二人組の男性が捕まえようとしていた。中佐は彼女を救おうと二人に殴りかかるがやられてしまい、海底に連れ去られてしまう。彼女は数十年前に自殺した科学者のフランクリンで、人工的なえらを人間につけて実験し、犠牲者を出したために自殺していたのだった。フランクリンは中佐の見た女性・ミカの父親だった。しかしフランクリンは現在でも海底で生きていたのだった。フランクリンは今ではアバロンと呼ばれ、海底で息子二人とミカとともに暮らしていたのだった。だが、ミカは地上で暮らしたがっていた。アバロンはミカに干渉するフォード中佐も魚にかえようと考えるが、ミカが海底での暮らしを望まないことを知り、ミカを行かせることにする。フォード中佐はミカにえらと指の間にまくがあるのを見るが、ミカをデートに誘うことにする。一方、ルーカスは友達に誘われ、ネイサンたちには会議だと嘘をついて若者たちのパーティに参加する。ルーカスは久しぶりのジュリアナとの再会に期待し、まだ早いんじゃないかと言うクレイグを説得して避妊用品をもらう。しかしジュリアナと二人切りになりまだ早いと感じ、ジュリアナにはなにもせずに別れた。その後ルーカスは帰る途中潜水艇を暴走させて逮捕され、会議ではなくパーティに参加していたことも白状させられてしまう。しかしネイサンは怒らず、二度とするなよ、とだけ注意した。
UFO海底に出現 … 調査のため地震の震源地に駆けつけたシークエストは、海底に100万年前の宇宙船を発見する。宇宙船の調査が開始されるが、乗り込んだクレイグたちのシークエストへの通信が突然とぎれる。その時、クレイグ達は謎の生命体とはちあわせ、交流を図ろうとしていた。その生命体が消え、クレイグ達は船内を歩き回ることになる。クレイグ達の通信が途絶えたため一人彼らを捜しに出たクロッカーは、その生命体に銃をむけようとして消されてしまう。その後、シークエストには無人のローンチが到着し、その直後から何者かが船内を調べ回っていることが判明する。謎の生命体とばったりシークエストで出会ったブリッジャーたちは彼と交流をとろうとするが、何もしゃべらず、偶然近くを通ったダーウィンに興味を示してどこかへ行ってしまった。分析の結果、ダーウィンなら彼らの言葉を理解できる話せる可能性が出る。ダーウィンは、彼の発している音を翻訳し、彼は地球人が協力のメッセージを送ってくれたらまたこちらに来たいと考えていることが判明する。ダーウィンはブリッジャーからメッセージを理解したことを伝えるように言われ、その通りに告げると生命体は口元に笑みをうかべて姿を消した。その後、姿を消してクルー達がシークエストにあらわれ、クレイグたちの通信も再開される。クレイグ達が宇宙船から出たあと、宇宙船は消えてしまった。ブリッジャー達は今回の関係者を集めて評決をとり、全員一致の賛成で彼らのいる4000万光年先の星に友好の情を示すメッセージを送信することに決める。ブリッジャーは、100万年待たせてすまなかった、と言ってメッセージ送信ボタンを押した。
虐殺の町からの脱出 … シークエストはエメラルドを盗んだとされる潜水艦に攻撃するが、乗っていたのはアマゾンの虐殺から逃れてきた子ども達とウェストファレンの娘・シンシアだった。ネイサンは子ども達を殺すところだったとノイスに怒りをぶつけるが、ノイスはアマゾン国側は船を撃沈したと思いこんでいるから穏便にすませればいいじゃないかと話した。しかし、子ども達がローンチで救出されたことはアマゾン国側の知るところとなる。子ども達、特にスラムの少年は非行の芽を摘むためにアマゾンでは生殖器官が完成する前に殺害されてしまうのだという。シンシアとともに救出された少年・マリクの弟も10歳で銃殺されていた。シンシアは旅行にきたアマゾンでマリクに財布を盗まれるが、スラムの様子をみて彼らを救い出そうと決め、古い潜水艦を買って国から逃げ出して父親の家で世話をしようと思っていたのだった。グズマノ将軍が率いる軍の潜水艦は難民の引き渡しを迫ってシークエストの近くを攻撃し、シークエストはローンチと交信不可能になる。このままではローンとも危ないと感じたネイサンは、シークエストはいったん姿を見えなくしてその後すきをついてフォード中佐と子ども達の乗ったローンチを救い出そうとする。しかしローンチ側はシークエストを見失ってとまどい、シンシアが重傷を負ったこともあってアマゾンに密かに上陸し、スラム街に身を隠すことにする。抗生物質がなくシンシアの傷がひどくなる一方なため、フォード中佐と、一時この国に住んでいた部下のシェンは薬局に押し入ることにする。二人は地元警察に見つかってしまい、何とか逃れるもののその直後に軍隊がやってきて周辺を捜査することになってしまう。グズマノはこの国で子供を殺していたことを知る生き証人である子ども達を取り戻したいと考えてネイサンたちに脅しをかける一方で、自分を殺すためにシークエスト側が部下を送り込んだと思いこんでいたため過剰に反応していたのだった。中佐達は薬が手にはいったので地元の人間の協力をあおぎ葬式のふりをしてここから逃げだそうと考える。しかし、葬式に携わる女性の扮装をしていたウェストファレンの靴を見たグズマノは、彼らが敵だとわかり葬式の団体に襲いかかった。中佐達はぎりぎりでボートに乗り込むものの、フォード中佐たちを助けるためにオーティスとともに上陸したマリクは逃げ遅れてしまう。しかしマリクはダーウィンに助けられ、マリクを逃がしたグズマノはくやしがる。グズマノのあとをおいかけた部下の大佐はグズマノを撃ち、それを自殺として処理した。大佐はシークエストに子ども達に戻っていいと話すが、ネイサンは彼らはその前にアメリカにいって大学にいってからならいつか戻るかもしれないと話した。
世界水没の危機 … シークエストでの任務が終り、クルーたちはネイサンにお別れプレゼントを渡して休暇を楽しんでいた。フォード中佐とヒッチコック少佐は、同じ船から同じ仕事でひきあいがあったことを知って二人ではりあったりする。クロッカーは、せっかく任務が終ったというのに妻から離婚を言い渡されて嘆き悲しんだ。ネイサンはウェストファレンとやっと二人切りになり、一緒に愉しい食事をすごそうとするが、父親にほっとかれて寂しいルーカスが亡き妻のホログラムを作り出して見せ、ネイサンは激怒してしまう。ウェストファレンはルーカスに話をしにいくが、ルーカスは自分がいつも邪魔者扱いで、父親も世界に電気を供給する計画のために今日も仕事をしていることを寂しがった。その研究が今日実るのだが、みんなの賞賛とは逆にずっとほっとかれっぱなしのルーカスは喜ぶことなどできなかった。ウェストファレンは、ルーカスの気持ちを父親のウォレンチャック博士に訴えようとするが、ルーカスは「相手にされないよ」とあきらめたような口調で告げた。ウォレンチャック博士は、その研究のためにネイサンからの（ルーカスのことで）大事な話があると通信をいれても話をしようともしないくらい研究に没頭していた。しかしその日、何らかの原因で送電塔が倒れ発電所のあちこちに火花が散り始め、世界中が停電となってしまう。そしてマグマが活発化した影響で地球上の氷がとけだしはじめる。世界は水没の危機をむかえることになる。そんな中、父親から最後かもしれない通信を受け取ったルーカスは父親を助けたいと考える。クロッカーはルーカスのためにウォレンチャック博士を救助しにいき、ネイサンは博士とともに対策を練った。ネイサンは火山の噴火を止めるため、シークエストを噴火口に沈めて核弾頭をうちこむことを決断する。そしてネイサンは一人シークエストに残り、ぎりぎりの瞬間までシークエストを操縦することにする。